Основной целью бактериологического исследования является выявление и последующая идентификация патогенного (болезнетворного) микроорганизма в исследуемом материале. Материалом при бактериологическом исследовании служит моча, кровь, мазки из полости носа, уретры, влагалища, прямой кишки, кал, сперма у мужчин, мокрота. Выбор материала зависит от показаний к проведению данного метода лабораторной диагностики и локализации патологического процесса.